Yoshio Taniguchi, arsitektur MoMA (Museum of Modern Art) membuktikan bahwa arsitektur sebagai karya seni tertinggi tidak tampil sebagai rancangan sendiri yang terpisah, tapi menyatu dengan koleksi museum yang berada didalamnya dalam sebuah habitat. Itulah yang dilakukan museum Ullen Sentalu yang dirancang mulai dari ruang tata pamer, struktur ruangan dan lay out bermacam bangunan, bukan untuk tampil sendiri-sendiri tidak terintegrasi tapi menyatu dengan koleksi didalamnya sehingga dapat mengingatkan kembali (mnemonic) memori kolektif sebuah peradaban yang sudah berlangsung ribuan tahun. Mataram Kuno yang diwakili dengan bermacam bangunan candi terbuat dari batu andesit yang tersebar di ‘bhumi mataram’ ditampilkan dalam tata ruang pameran tetap: Guwo Selo Giri (Gua Batu Gunung) yang terletak tiga meter dibawah permukaan tanah menyerupai gua masa silam atau bunker bangunan modern dengan struktur seluruhnya mirip bangunan candi, yaitu terdiri dari batu andesit yang dibiarkan terbelah tanpa polesan.
Unsur arsitektur vernacular yang menyatu dengan alam sekitarnya muncul secara penuh dengan penggunaan batu andesit yang ditambang dari area sekitar lokasi museum, kemudian dibangun dengan tehnologi lokal dan dikerjakan oleh pekerja dari desa Kaliurang yang ahli dalam membelah batu dan menyusunnya menjadi bangunan. Kesan menyatu dengan alam disekitarnya dan kenangan (mnemonic) akan kebesaran mahakarya arsitektur Hindu-Budha milik dinasti Mataram Kuno dikembangkan lebih jauh menjadi bangunan yang akan mengingatkan siapapun yang pernah berkunjung ke permandian Tamansari akan lorong Sumur Gumuling menuju masjid bawah tanah di Taman Sari yang dibangun oleh dinasti Mataram Kini. Keluar dari lorong Guwo Selo Giri terhampar tangga ‘stairway to heaven’ menuju Taman Kaswargan (Heavenly Hills) dengan struktur punden berundak yang akan mengingatkan kebudayaan megalitikum yang pernah ada ratusan ribu tahun silam atau mengingatkan tangga Hastonorenggo di bukit Imogiri, menuju ke persemayaman raja-raja Mataram Kini.
Sementara itu Kampung Kambang yang terletak diatas air (mengambang) dibangun menyerupai kampung rumah orang Kalang yang tinggal di ibukota kuno Mataram Kini atau Mataram Islam periode Pertama (Mataram Islam periode Kedua adalah kurun waktu setelah perjanjian Giyanti) di Kotagede dengan jalanan sempit menyerupai gang dan dibuat berkelak-kelok menyerupai struktur labirin Minoan. Pengunjung yang tidak ditemani oleh educator tour akan mudah tersesat, karena sesuai namanya labirin yang berfungsi untuk menyesatkan orang tapi dalam rancangan museum dimaksudkan untuk menumbuhkan rasa keingin-tahuan (curiousity) yang ditumbuh-kembangkan, setelah curiousity rangkaian tour pertama atas Guwo Selo Giri dibawah permukaan tanah. Konon menurut legenda yang masih hidup hingga saat ini, labirin adalah ruang bawah tanah istana Minoan yang didalamnya dipelihara monster Minotaur berujud kepala banteng dengan tubuh manusia. Setiap tahunnya, monster itu menuntut korban 7 gadis dan 7 perjaka dari Yunani, sebelum akhirnya ditumpas oleh pangeran Theseus putra raja Aegean dari Yunani. Bentuk labirin di Kampung Kambang, selain membuat pengunjung curious, dimaksudkan untuk mengingatkan (mnemonic) akan kampung warga Kalang di Kotagede. Dimana diantara jalanan di kampung sempit itu terdapat rumah saudagar yang menyimpan bermacam benda berharga mirip koleksi dalam sebuah museum.
Guwo Selo Giri (Gua Batu Gunung) adalah ruang pamer untuk koleksi tetap (Exhibition Hall for Permanent Collection) yang terdiri dari lobby dan hall utama. Pada bagian lobby terdapat beragam foto lukisan cat minyak dari berbagai ukuran dengan tema Tari dan Musik Tradisional Jawa. Tata pamer (lay out display) dengan menempatkan semua lukisan pada dinding dimaksudkan untuk memberi jarak pandang dan ruang gerak (prosemic) bagi pengunjung yang ingin melihatmya secara perspektif dan bukan close up. Di ruangan juga terdapat seperangkat alat musik gamelan yang merupakan simbol kebesaran (masterpiece) kebudayaan Jawa, khususnya dari Kraton. Karena setiap raja Jawa yang bertahta memiliki mandat agung untuk menciptakan koreografi, setidaknya satu jenis tarian, sebagai simbol hanggabeni ikut melestarikan warisan budaya leluhur. Sedangkan di sudut ruangan yang merupakan centerpoint dimana setiap pengunjung setelah melewati pintu masuk akan langsung melihatnya, ditempatkan lukisan berjudul Tari Topeng. Seperangkat musik Gamelan yang sebagian besar tersebut juga membuktikan kebesaran kebudayaan Jawa karena jenis musik perkusi (diketuk/ dipukul) adalah jenis musik paling kuno milik hampir seluruh peradaban umat manusia dimuka bumi dan sementara bangsa lain masih berbentuk sederhana, pada Kebudayaan Jawa telah berkembang sangat lengkap dan rinci. Pada bagian hall utama terdapat deretan foto dokumenter dan lukisan milik Kraton dan Pura milik dinasti Mataram Kini yang terdiri dari foto dan lukisan para raja, ratu dan putri bangsawan dari Kraton Surakarta Hadiningrat dan Pura Mangkunegara dari Solo dan Kration Ngayogyakarta Hadiningrat dan Pura Paku Alam dari Jogja. Pada ujung Guwo Selo Giri terhampar tangga menuju Kampung Kambang dan Taman Kaswargan.
